《大理公主》是一部田园诗风格的情感剧，在大理州如诗如画的山水中，展开大时代背景下的爱、恨、情、仇，报复与宽容，迷茫和成长，表现大时代中大理两个同年同月同日生的女孩的命运纠葛。
《大理公主》讲述的是在辛亥革命前后这个风云际会的年代里，充满仇恨的阿细，在向大理首富段沐海报复杀母之仇的过程中，不断沉沦和迷失，最终幡然悔悟，在对付瘟疫的战斗中，不幸牺牲；以及段沐海的女儿艾月，面对动荡的时代，面对结义姐妹阿细对自己家庭的报复，始终充满乐观、善良和宽容，从一个四体不勤、五谷不分的娇小姐渐渐成长，终于成为一个成熟、机智、胸襟开阔的女性。
段沐海在清末的云南大理，富甲一方，仁名远播，德高望重。大房嫡出二子，二房庶出一儿，终于他最喜爱的三姨太为他生下了一个宝贝女儿段艾月。就在艾月出生的同时，杨家村的贫苦寡妇杨玉姣也产下了一名女婴，起名杨阿细。
七年后的一场大瘟疫中，段沐海失手将染上疫病的杨玉姣推出火海，被阿细认定为不共戴天的仇人。而段沐海的女儿艾月，却对阿细一见如故，赠以信物，结拜金兰。阿细被母亲传染了疫病，后又传染给了艾月。段沐海找来了洋大夫，却得知只能救治一人，他选择了女儿，并差人将阿细弃置荒野，付之一炬。小厮临事胆怯，留了阿细一息之命，被尾随而致的男孩刘伯恩就下，由古刹高僧治愈，但却落下了癫痫的后遗症。
刘伯恩用日出的美景开导新丧至亲的阿细，并遗帕传情。阿细情窦初开，却得知伯恩就要在段沐海的资助下，远赴法兰西学习洋务去了。
从此阿细便开始了流浪生涯，后又跟在跑马帮的老汉仆老爹身边，度过了六年马帮生活。阿细是个至情至性的人，爱也铭心，恨也刻骨，十年不衰。所以十年后，阿细离开了仆老爹，只身回到大理，展开了对段沐海的报复。
而此时的段沐海，家和业兴，身康体泰。大太太潜心礼佛，长子濯仁其年三十岁，妻子已经去世，至今孤身一人，带着六岁的儿子，现在赋闲在家，成天吟风弄月，花鸟虫鱼，心中充满美好善良的愿望，却永远没有行动的决心；次子濯义其年二十六岁，聪明干练，现从政，常年在外当官，他的妻子雅姿，淑德贤慧，育有一子，四岁。二太太刻薄贪财，她为段沐海生下的三儿子濯礼，其年二十二岁，狂妄顽劣，不修德才，嗜赌如命。三太太产后体弱，早已病逝，留下的十七岁女儿艾月，被段沐海娇宠的骄瞒任性，却也聪明伶俐，故灵精怪，小霸王一般。
　　同时，刘伯恩也已学成归国，表面上是段艾月的家庭教师，私地下却是同盟会的成员，为推翻清政府而斗争着。
　　阿细化名阿慈接近艾月，为了报仇大计隐忍了对伯恩的浓浓爱火，却发现伯恩与艾月渐渐生出情愫。
　　在革命军与清兵的战争中，阿细两次救下艾月，取得了天真无邪的艾月的信任，进入段家大院做起了佣人。
　　段家的护院教头龙出来一直暗恋着小姐艾月，为了护主，他曾帮清军杀过革命党人，武昌起义胜利后，被革命政府通缉。艾月为了掩护他逃走被关进了监狱，后在段沐海四处活动下，被释放。此事让伯恩对新生政府有点失望，辞去职务教书去了。在学堂里艾月又成了伯恩的学生，二人的交往越来越密切。而段沐海因为种种误会，认为伯恩是忘恩负义之徒，不同意艾月与其交往。于是他决定作主给艾月相亲。艾月因此十分不快，拉着阿细喝酒，酒后再次和阿细结拜。
　　阿细用心讨好这段家大院里的每一个人，尤其是艾月，从而套取了段沐海各种生活习惯和喜好，做出计划，一步一步亲近段沐海。艾月察觉出阿细似乎对她父亲有所图谋，与阿细的关系时好时坏，终于在一起过完生日的第二天彻底闹僵。段沐海虽然很欣赏这个叫“阿慈”的女孩，但为了让艾月开心，还是辞退了阿细。阿细想到复仇计划就要失败，在前来相送的艾月面前癫痫发作。艾月得知阿细有病，不忍再赶她走，让她留在段家茶园中养病。尽管知道阿细利用过自己，单纯的艾月却依然精心照顾着阿细。
　　阿细在茶园里放出大量自己饲养的茶虫，引来段沐海与其相见。二人在上山赏花的时候，遇到山贼，逃跑中不慎双双坠入一个瓶子形状的山崖。在崖底，阿细无微不至的照顾着受重伤的段沐海，在段沐海险些被冻死时，她脱去自己的衣衫，用体温将其救活。
　　获救后，段沐海再也顾不上家人和外界的反对了，立刻纳阿细为四姨太。艾月对父亲，对阿细感到失望，离家出走，同伯恩的感情进一步升级，成为爱侣。而阿细很快便取得了段家大院的财政大权。
　　这时，袁世凯盗取了国民政府的革命果实，很多革命投机分子纷纷倒向北洋政府，与伯恩并肩战斗过的警察局长齐学丰就在气馁。作为北洋政府在大理的秘密特派员，段二公子濯义回家了。出于本身的怀疑和艾月的委托，濯义开始调查阿细。于是阿细设计让濯义被伯恩枪杀。从此段家上下对伯恩恨之入骨，而艾月则陷入了对伯恩的爱与恨的挣扎之中。
　　为了帮艾月救出伯恩，龙出来拉着自己的山贼队伍去劫囚车，最终行动失败，还无意间殃及了大理城内许多无辜百姓。艾月逼龙出来逃走，自己投案自首。大理百姓众怒难平，要求处死艾月，段沐海无奈，在从监狱中救出艾月后，将艾月赶出了大理城。
　　齐学丰要处死伯恩，为了救伯恩，阿细被齐学丰糟蹋了。伯恩得知后，盛怒下去行刺齐学丰，打伤了齐学丰后，自己也受了重伤。阿细就把伯恩藏在段家地库中悉心照顾。后来二次革命在即，伯恩要阿细放弃复仇跟他去广东，但最终为了保护伯恩不被齐学峰抓住，阿细没有走成。
　　艾月在流浪中结识了一个叫小米的男孩，学到一个解毒良方，并用这个方子救了仆老爹所在的马帮，成为了马帮的一员。艾月从仆老爹口中得知了阿细的过去，并猜出“阿慈”就是阿细。马帮在同马贼的一次次战斗中，几乎死伤殆尽，最后就只剩下了重伤的仆老爹，比艾月还年轻的铁猴，和艾月三个人。仆老爹领着铁猴和艾月取道雪山逃命，途中遭遇暴风雪，仆老爹故去。同时一直在寻找艾月的龙出来却出现在了雪山上。龙出来、铁猴、艾月三人完成了马帮的任务，分了手。
　　段沐海获悉了阿细的底细，出于对阿细母女的愧疚，她向阿细忏悔，并没有戳穿阿细的假身份将其赶走，这一方面是因为他想向阿细赎罪，另一方面则是出于对“阿慈”的依恋。对段沐海的忏悔阿细并不领情，反而加紧了对段家的报复。她用假兑票骗濯仁，从段家银号中骗走十万大洋，段沐海恨愤怒，